常用生物软件（Windows版）是生物信息学研究中不可或缺的工具，涵盖了基因芯片分析、序列分析、引物设计、蛋白质结构预测等多个领域。本文系统整理了各类软件的用途与特点，帮助研究人员高效选择适合的工具。

一、基因芯片分析软件

1. 基因芯片综合分析软件：ArrayVision 7.0（商业版，$6900，支持图像与数据处理）、Arraypro 4.0（Media Cybernetics，高精度）、Phoretix Array（Nonlinear Dynamics）、J-express（Java编写，需JRE1.2，用于微阵列表达数据分析）。

2. 基因芯片图像分析：ScanAlyze 2.44（斯坦福，半自动格栅与像素分析，输出文本格式）。

3. 基因芯片数据分析：Cluster（斯坦福，聚类分析）、SAM（Excel插件，显著性分析）。

4. 聚类图形显示：TreeView 1.5（标准显示软件）、FreeView（Java，增强功能）。

5. 引物设计：Array Designer 2.00（批量设计DNA/寡核苷酸引物）。

二、RNA二级结构预测

RNA Structure 3.5（基于Zuker算法，最小自由能原理，Turner热力学数据）、RNAdraw（多文档界面，右键菜单功能）、loopDloop 2.07b（Java绘制）、Circles 0.1.0（Java绘制）。

三、序列综合分析

Vector NTI Suite 8.0（集成数据库管理、限制酶分析、结构域查找、虚拟电泳等，含3DMol、Align X、ContigExpress等模块）、DNAStar 5.03（Lasergene Suite，含EditSeq、MegAlign等7模块，支持64000片段拼装）、Omiga 2.0（蛋白质/核酸分析兼引物设计，含Clustal W比对、ORF查找）、DS gene（Accelrys，GCG个人版）、DNASIS for Windows 2.5（日立，质粒作图与数据库查询）、DNATools 5.1（用户友好，支持多种格式）、Bioedit（序列比对，可整合其他软件）、Jellyfish 2.1（DNA翻译、BLAST提交）、Genetools（CpG岛分析）、DNAMAN（限制酶分析、引物设计、序列装配）。

四、限制酶切位点分析

DNAssist 2.0（支持环状序列酶切位点识别，输出图形与列表）。

五、质粒绘图

Gene Construction Kit 2.0（克隆策略构建与模拟电泳）、Winplas 2.6（发表级质粒图，自动识别限制位点）、Plasmid Premier 2.02（质粒特征分析与设计）、Redasoft Visual Cloning 2000（专业级载体图，支持REBASE酶库）、SimVector（发表级质粒图）、Clone Manager（限制酶切割与重组）。

六、引物分析

Primer Premier 5.0（手动/自动引物设计，显示二聚体等参数）、Oligo 6.57（Tm计算与二级结构预测）、Primer D'Signer 1.1（pASK-IBA载体专用）、Beacon Designer 1.01（分子信标设计）、NetPrimer（Web界面引物设计）。

七、蛋白二级结构分析

ANTHEPROT 4.5（法国开发，含二级结构预测与特性分析）、Peptool（二级结构预测、motif寻找、甲基化分析）、VHMPT（螺旋膜蛋白拓扑结构编辑）、MACAW（多序列比对与block分析）。

八、凝胶分析软件

BandScan 4.30（条带定量，支持手动/自动）、band leader 3.0（小巧凝胶分析）、TotalLab 2.0（全智能凝胶分析）、Quantityone（Bio-Rad，1D凝胶分析）、QuantiScan 2.1（精确分子量测量）、Gel-Pro Analyzer（Media Cybernetics）、SigmaGel 1.0（SPSS）、Melanie 3 Viewer（2D凝胶查看）、PDQuest 6.2.1（2D凝胶数据库分析）。

九、三维结构显示

RasMol 2.7（快速分子显示，多种模式）、CHIME 2.6（浏览器插件）、ICMLite（MolSoft，优于RasMol）、POV-Ray 3.5（高质量三维图像渲染）、DS viewer pro 5.0（Accelrys）、3D-mol viewer（Vector NTI）、Cn3D（NCBI，结构比较与VAST对齐）、Spdbv（Swiss-PdbViewer，与Swiss-Model联动）、Molmol（格式转换与POV输出）。

十、生物显微图像分析

Scion Image（NIH Image的Windows版，免费）、SigmaScan Pro 5.0（数字图像分析）、Image-Pro Plus 4.5（Media Cybernetics，专业显微分析）。

十一、数据统计类软件

SAS（FDA唯一批准，专业性强）、SPSS（易用，最新11.0速度快）、Origin 7.0（科学绘图与数据分析）、GraphPad Prism（生物学统计与曲线拟合）、SigmaPlot 2002（2D/3D绘图）、Simstat（专家系统引导）、CurveExpert（ELISA曲线拟合）。

十二、文献管理

Reference Manager 10.0（在线搜索PubMed，Word集成）、Endnote 6.0（参考文献格式化）。

十三、进化树分析

Phylip（最通用，含DNA/蛋白质分析、距离法、简约法等）、PUZZLE（最大似然法建树，bootstrap评估）、Paup（商业版，功能强大）。