学术研究的生命力在于创新。学术创新需要平衡的学术生态系统提供良好的学术研究环境。平衡的学术生态系统的主要标志是：公平、公正的学术竞争环境；思想自由、学术自由、学术民主的学术理念；鼓励学术创新、积极探索真理的健康学术氛围。而现代大学制度的基本职能在于保障大学自治和学术自由，保持学术生态系统平衡，确保创新生命力常青。

　　现代大学制度是指以大学章程为核心的治理大学的制度体系。在西方国家大学中，现代大学制度似乎是一个不用探讨的话题。这是因为，源于欧洲中世纪大学的现代西方大学，其大学自治、学术自由、教授治校、教授治学、教学自由和学习自由等大学核心理念在大学发展过程中基本没有中断过，并且深入人心，成为大学的烙印。而建立在大学核心理念基础之上的大学制度经过长期建设和完善，已经成熟并且处于相对稳定的状态，为平衡和健康的学术生态系统提供了制度保障。反观国内，建立现代大学制度是未来一个时期我国大学建设的一项重要任务，由此反映出我国大学目前的真实办学理念和办学价值观与现代大学有很大差距，管理体制和制度体系不能使大学学术生态系统形成良性循环，不能满足社会经济快速发展对大学学术创新和培养创新型人才提出的新要求。

　　学术生态系统，是指由学术主体、学术客体以及软硬件环境等元素构成的一个相互联系、相互影响和相互制约的学术系统。生态学认为，一个健康和平衡的生态系统是稳定的和可持续的，能够维持它的组织结构和自治，也能够维持对胁迫的恢复力。健康的生态系统能够维持它们复杂性的同时能满足人类的需求。同理，学术生态系统的稳定性、可持续性和自治性，及其自身对国家和社会发展所作出的贡献，可以作为学术生态系统是否健康的衡量标准。一个健康的学术生态系统，其产生的成果必然能够满足国家和社会发展的需要。

　　就我国大学学术研究来说，改革开放后至20世纪90年代初期，是我国学术生态系统的恢复和步入正轨时期，学术研究整体水平得到一定程度的恢复与提高。进入21世纪后，我国的科学研究工作取得长足进步。以自然科学为例，2006年，中国SCI论文数量跃居世界第二；2007年，中国EI论文数量列世界第一。人文社会科学研究更是繁荣。但客观地说，我国的整体学术研究水平还不够高，自主创新能力还不强，自然科学多是跟踪模仿研究，人文社会科学研究也更多地是介绍国外有关研究成果，自身原创性和标志性成果并不多见，在国际上更是缺少话语权。据有关研究报告显示，我国发表的国际论文平均每篇被引用6.21次，而世界平均值为10.71次，我国平均每篇论文被引用次数排在世界100名开外，与世界平均值还有不小的差距。

　　与我国学术研究进步同步，由于急剧变化的外部社会发展系统和研究者价值观的多元化以及受个人利益的影响，学术界也出现了学术成果泡沫化，原创性成果缺失，功利主义氛围日渐浓厚、学术氛围淡漠，学术交流意识淡化、深层次的学术交流弱化，学术争鸣日渐消失，学术不端行为频频曝光等问题。学术生态系统失衡的问题，究其根源，与我国大学实际的办学理念和大学制度存在的问题有很大关系。学者曾雄军曾指出，从大学外部来看，虽然经过改革与发展，大学与政府之间的权力界限日益明晰，但政府依然牢牢控制着高校发展乃至高校命脉的资源配置权。如政府人员手中掌握着大量的资金、资源配置等方面的自由裁量权，行政权力实质上在不断膨胀和扩大，大学难以真正建立其自我发展、自我约束的内在生命机制。从大学内部来说，有三点主要原因，一是管理者政绩观出现偏颇，以研究成果数量为荣；二是行政主导大学学术研究；三是大学制度建设滞后。

　　例如，大学学术委员会中的领导职位多由双肩挑的教授担任，造成了学术权力和行政权力的交叉混合。而在目前，我国大学中行政权力相对于学术权力往往占据强势地位，致使普通教师学术权力行使方面得不到有效保障，治学积极性受到很大影响，阻碍了学术民主和学术自由环境的建设。由于缺乏监督和制约机制，在大学二级学院的管理中，部分院长一人财权和人事权在握，往往会出现二级学院院长“一言堂”现象，看似正常的学术论争，由于掺入了行政权力因素，就形成了不平等、不公平、不正常的学术生态，更遑论学术自由。

　　大学作为一个学术组织，有其自身组织特性、发展规律和管理方式，大学必须按照学术组织的特质进行管理。在我国高等教育目前发展阶段，针对大学存在的问题建立现代大学制度，有重要意义。通过建立现代大学制度，可以逐步解决教育行政化这一影响中国高等教育发展的根本性问题，引导大学按照自身学术组织性质去发展和创新。这也是政府、社会和大学的共识。中国现代大学制度的建立和完善，其重点应放在通过制定大学章程，明确界定大学利益各方的权力边界，确立大学自身办学的主体地位，确立学术研究人员的主体地位。同时，建立权力实施监督制度，尤其要关注和重视制定落实大学章程的制度细则的建设和完善，如此才不至于制度制定出后束之高阁现象的发生，保障学术生态系统具有自治的能力和保持对胁迫的恢复力，形成平衡的学术生态系统，促进学术创新。

　　在推进建立中国现代大学制度过程中，要特别注意避免和克服学术评价过度量化的倾向，遵循规律，引导学术生态良性循环，促进学术生态环境优化。学者邬大光曾特别指出，在当今大学里盛行的绩效考核，给大学内部的多项活动打上了经济活动的烙印，上一节课值多少分、带一名研究生值多少分、在一个刊物上发表一篇论文值多少分，最终再把这些分数换算成货币。此种做法能称之为现代大学制度吗？放眼世界上的大学，又有多少大学对教师的考核采取这样“原始”的做法？该做法显然是与现代大学制度背道而驰的。