Qualifier /clone_lib= Definition 克隆文库 Value format "text" Example /clone_lib="lambda-hIL7"
Qualifier /codon= Definition 指定与密码子表中不同的密码子。 Value format (seq:"codon-sequence",aa:<amino_acid>) 其中是密码子的碱基序列,amino_acid是翻译的氨基酸、修饰/不常用的氨基酸或OTHER。 Example /codon=(seq:"ttt", aa:Leu) Comment 如果氨基酸不在列表中,可以用"aa:OTHER"代替,并在/note中注释。
Qualifier /codon_start= Definition 第一个完整的密码子首个碱基离该feature序列的第一个碱基的位置。 Value format 1 or 2 or 3 Example /codon_start=2
Qualifier /cons_splice= Definition 内含子与保守的5'-GT ... AG-3'结合位点的差异。 Value format (5'site:<bool>, 3'site:<bool>) Example /cons_splice=(5'site:YES, 3'site:NO) Comment 合法的布尔值是'yes', 'no' 或 'absent'; 既然绝大部分的接合位点是保守的,该qualifer只有当序列被证明与保守序列不同时才用。在两个边界有一个是非保守时,可以用'absent'来描述。
Qualifier /country= Definition DNA样品来自于哪个国家。主要用于流行生物学和群体研究。 Value format: "any country from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/country.html" Example: "Canada" Comment: /country 从下拉菜单中选择。也可以用country:sub_region表示某个地区,如: /country="Canada:Vancouver".
Qualifier /cultivar= Definition 物种的品种。 Value format "text" Example /cultivar="Taichung 65" Comment 主要用于source这个feature key。
Qualifier /db_xref="<database>:<identifier>" Definition 数据库交叉参考数据;指向另一个数据库中的相关数据 Value format "<database>:<identifier>" 其中<database>是有相关信息的数据库名称,identifier是该相关信息在数据库中的识别号码。 Example /db_xref="SWISS-PROT:P12345" Comment 完整的数据库类型名单见NCBI服务,URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/
Qualifier /dev_stage= Definition 发育阶段 Value format "text" Example /dev_stage="fourth instar larva"
Qualifier /direction= Definition DNA复制方向 Value format left, right,或both 。其中left表示朝输入序列的5'末端方向,right表示向3'方向。 Example /direction=LEFT
Qualifier /EC_number= Definition 对序列产物-酶描述的国际酶学委员会号码。 Value format "text" Example /EC_number="1.1.2.4" Comment 合法的EC numbersIUPAC-IUB Commission的Biochemical Enzyme Nomenclature列表中。(发表于Enzyme Nomenclature 1984. New York: Academic Press (1984) 或更新的版本)
Qualifier /evidence= Definition 显示是有实验性证据的,还是只是理论上推理得到的。 Value format experimental, not_experimental Example /evidence=experimental Comment experimental表示该feature是有直接实验证据支持的。not_experimental表示该feature是理论上比较推理得到的(如根据保守序列的匹配得到的启动子)
Qualifier /exception= Definition 显示氨基酸或RNA序列不翻译或按照正常的生物规则与DNA序列不相符。 Value format "text" Example /exception="RNA editing" Comment 对于CDS,在用transl_except已经足够表达意思时不要用这个/exception这个qualifier。 有/exception的CDS的蛋白翻译与按理论上翻译出来的是不一样的。 可以用于描述生物机理,如RNA editing,这些场合参考文献所提到的例外较难描述。
Qualifier /focus= Definition 在一条序列中有多个source时,该qualifer指的是主要的生物。 Value format none Example /focus Comment 只有序列有多个物种source的feature时才用,由focus决定的物种将在flat file中出现在SOURCE和ORGANISM行中,并决定该序列应该在DDBJ/EMBL/GenBank系统分类中放在哪个类别中。如果没有指定翻译的密码子表,则有/focus的物种的密码子表就是缺省的密码子表。在一条序列中,最多只能出现一个/focus。
Qualifier /frequency= Definition 该feature的发生频率。 Value format 群体中带有某种变异的比例,用小数点表示 Example /frequency=".85"
Qualifier /function= Definition 序列的功能 Value format "text" Example function="essential for recognition of cofactor" Comment 当基因的名称和/或产物名称还不能表达序列功能时,用/function表达。
Qualifier /gene= Definition 某段序列对应的基因的标记符号。 Value format "text" Example /gene="ilvE" Comment 见O'Brien, S.J., ed., Genetic Maps 1987, Cold Spring Harbor或更新的版本
Qualifier /germline Definition 如果序列是DNA而且属于免疫球蛋白家族,该qualifier用来表示序列来自于非重排DNA。 Value format none Example /germline
Qualifier /haplotype= Definition 物种的单倍体型 Value format "text" Example /haplotype="Dw3 B5 Cw1 A1"
Qualifier /insertion_seq= Definition 插入序列因子 Value format "text" Example /insertion_seq="IS-11"
Qualifier /isolate= Definition 单个分离物 Value format "text" Example /isolate="Patient #152"
Qualifier /label= Definition 用来永久标记feature的名称。 Value format feature_label. feature labels符合所有feature的命名规则。 Example /label=Alb1_exon1
Qualifier /lab_host= Definition 实验室宿主 Value format "text" Example /lab_host="chicken embryos"
Qualifier /map= Definition 遗传图谱位置。 Value format "text" Example /map="8q12-13"
Qualifier /macronuclear Definition 如果序列是DNA,并且该生物正处于染色体macronuclear和micronuclear分化阶段之间,该qualifier用于表示序列来源于macronuclear DNA. Value format none Example /macronuclear
(责任编辑:泉水)
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