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中国核酸序列数据库使用手册(8)

时间:2005-09-30 09:13来源:中国核酸序列数据库 作者:bioguider 点击: 4918次

Comment               当只是为了标记一段区域以便于说明或为了在另一个特征关键词中引用不应使用它,而使用 的pseudo代替

 

 

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Feature Key           misc_recomb


Definition          任何一般性位点,特异性位点或复制重组事件,如果在此存在缺口和双链DNA的聚合,而不能被其它的重组关键词(iDNA,virion)或source的qualifiers(/insertion_seq,/transposon, /proviral)所描述

Mandatory qualifiers  /organism="text"

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

Molecule scope        DNA

 


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Feature Key           misc_RNA


Definition           任何转录或RNA产物不能被其它的RNA关键词(prim_transcript,precursor_RNA,mRNA, 5'clip,3'clip,5'UTR,3'UTR,exon,CDS,sig_peptide,transit_peptide,mat_peptide, intron,polyA_site,rRNA,tRNA,scRNA,snRNA)所描述

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /product="text"
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


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Feature Key           misc_signal


Definition            任何含有信号控制或改变基因功能或表达的区域,不能够被其他的信号关键词(promoter, CAAT_signal,TAT_signal,-35_signal,-10_signal,GC_signal,RBS,polyA_signal, enhancer,attenuator,terminator,rep_origin)所描述

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /phenotype="text"
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


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Feature Key           misc_structure

Definition           任何二级或三级核苷酸结构不能被其他的结构关键词(stem_loop,D_loop)所描述

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


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Feature Key           modified_base

Definition            表明核苷酸是一个被修饰的核苷酸,应被所给的分子(在mod_base qualifier 中提示)替代

 

Mandatory qualifiers  /mod_base=<modified_base>

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /frequency="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

(责任编辑:泉水)
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