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中国核酸序列数据库使用手册(5)

2005-09-30 09:13 bioguider 中国核酸序列数据库 阅读 0

Comment        /codon_start有1,2和3三个可选值,表明在此位置第一个密码子的编码碱基开始

          /codon可以表明所使用的是特殊的,不常用的遗传编码,包括稀有密码子,细胞器密码子等

          /codon可用于描述一个单一编码例外(相对于正常编码序列)它暗示这一段序列翻译的特殊性

          /codon指一个特殊的密码子由“seq”定义的为氨基酸的特殊编码,或由“aa”特殊化的中指密码。

          /protein_id包括一个固定ID(3+5的格式由3个字母和5个数字组成)在“.”后加上一个版本号。蛋白序列是由CDS编码,当CDS变化时,只是/protein_id的版本号值增加。/protein_id的固定部分不变且永远和被给的蛋白相配

          /trans_except被用来特殊化一个单一密码子的翻译,此翻译规则并不遵循正常的遗传编码规则或是由/codon qualifiers所列出的编码规则。

          /transl_table定义了遗传编码表(假如编码不符合通用的遗传编码表。在遗传编码表范围以外的特殊编码在/codon,/trans_except qualifiers 中列出


                     
                   


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Feature Key           conflict

Definition            在某一点或区域不同的“相同”序列的独立的决定子

Mandatory qualifiers  /citation=[number]

Optional qualifiers   /db_xref="<database>:<identifier>"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /gene="text"
                      /replace="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

 


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Feature Key           D-loop

Definition            置换环;在线粒体DNA内的一段区域,在此区域,一段短的RNA链与一段DNA链配对,代替了原来的部分DNA链。也可用来描述某一DNA双链区域中的一条被RecA蛋白催化反映的一条单链替代

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /usedin=accnum:feature_label

Molecule scope        DNA

 

 

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Feature Key           D_segment

Definition            免疫球蛋白重链和T细胞受体β链的多样性片段

 Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label
                     
Parent Key            CDS

Organism scope        Eukaryotes

 


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Feature Key           enhancer

Definition            一段顺式作用序列,可以增强真核启动子的作用,可以在起始位点或任何位置(上游或下游)起增强作用


Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /evidence=<evidence_value>
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /partial
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

Organism scope        Eukaryotes and eukaryotic viruses

 

 

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Feature Key           exon

Definition            相对应于剪切后的mRNA序列的基因区域,可以含有5'UTR,所有的编码序列和3'UTR

Optional qualifiers   /citation=[number]
                      /db_xref="<database>:<identifier>"                     
                      /EC_number="text"
                      /evidence=<evidence_value>
                      /function="text"
                      /gene="text"
                      /label=feature_label
                      /map="text"
                      /note="text"
                      /number=unquoted text (single token)
                      /partial
                      /product="text"
                      /pseudo
                      /standard_name="text"
                      /usedin=accnum:feature_label

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